「こ（言葉）な（仲間）が（がんばり）い（いきいき）」が合言葉です。

　本校は諫早市の東部に位置し、有明海、多良岳など豊かな自然に抱かれています。「小長井っ子」は、温かい地域の皆さんの眼差しと保護者の深い愛情に支えられながら、校歌に込められた想いの様に「明るく・元気に・正しく」伸びようとしています。

　令和7年4月1日に小長井町内の遠竹小学校・長里小学校・小長井小学校が統合し、名称は小長井小学校としてスタートしました。令和10年4月には、小長井中学校とも統合し、諫早市初の義務教育学校となる予定です。